11月20东都体育场。灰原等少年侦探团和江户川柯南兴致勃勃地观看足球比赛。与此同时，毛利侦探事务所的电话突然响起，是大规模爆炸的预告电话！这并不是游戏，也绝非虚张声势。就像对小五郎的挑衅一样，道路上的汽车就在他眼前发生了爆炸！要阻止接下来的爆炸只有一个办法，就是解开犯人留下的谜样的暗号！“蓝色少年与蓝色斑马，从天而降的雨……”“下面的人以左手展示……”炸弹究竟被安放到了哪些地方？小五郎和小兰同目暮警部一起在米花町内反复寻找，但丝毫未见解开暗号的线索。剩余的时间，只有45分钟了！正当比赛渐入高潮之时，柯南从无计可施的小兰那里知晓爆炸预告之事得知了威胁电话的事情，开始独自破解暗号……他最终能解读这个暗号吗？虽然已经被逼到绝望的边缘，但柯南仍没有放弃解决案件的决心。最后，犯人在爆炸的风暴中逃走了…… 怨恨、嫉妒、野心、名利、杀意……嫌疑人涉及足球选手、球迷、俱乐部老板、媒体人……与足坛有着密切关联的方方面面……根据柯南的推理，犯人还在策划连续犯罪，为了阻止下一次爆炸，柯南决定单独进行调查。就在任何线索都没有发现，调查陷入僵局的时候，小五郎再次收到犯人的挑战书！12月的“X日”。 犯人的下一个目标将是哪里？他又究竟是谁？为什么会盯上小五郎呢？柯南终于将隐藏在挑战书中的暗号破解，同时他也知晓了“某件事情”。那就是，隐藏在这一系列犯罪行动之后的惊天阴谋！