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故事的主人公一边是中学生哲雪和米娜娅，一边是以博士号为首的希望号、阳光号等铁胆火车侠。这些火车侠平时每天都各自飞驰在日本各地的高速铁路线上，运送着来来往往的旅客。可是，一个以快速魔头号为首的黑暗军团却处处专门与他们作对。