虽然先前日子在其他次元，有邪恶组织对爆丸世界的创始生命的觊觎夺取，但在爆丸战士的守卫之下，并未对爆丸世界造成影响，再次让爆丸世界回归应有和平。时间来到一年后，爆丸Inter-space的发展急速澎涨，爆丸对战亦出现了完善的联赛赛制。而在比赛中，独角巨龙屡次力量失控、当中衍生出来的暗黑爆丸的出现和大肆破坏，令小弹心理压力不断上升，其后更退出赛场，使爆丸战士间的友情受到重大考验。在此同时，有一支被称作“浑沌军团（ChaosArmy）”的神秘参赛队伍，对爆丸战士与其他参赛者发动迅雷不及掩耳的震撼打击，促使爆丸战士与其他参赛者团结一致，立誓击退强敌；然而，混沌军团的首脑梅格梅尔在大举侵略的同时，似乎与小弹和独角巨龙有过节，而小弹和梅格梅尔两人间的死斗也秘密的在烽火连天的爆丸战场的边缘无声无息的展开了……