在微观量子世界里，生活着三个“国家”：“光子国”、“电子国”、“金属国”。金属国的重甲将军好战成性，发动了侵略光子国的战争。 光子国有一个勇敢而可爱的王子，当重甲将军带领金属兵入侵光子国时，王子率领七色军与金属大军作战，最后王子在老国王的提示下，巧用 “短波高速攻击法”击退了金属大军的攻击。 经历了战争洗礼的小王子认识到自已知识有限，决定离开王宫，外出游历电子国，体验光子与电子各自的特点，希望形成光电联盟共同打败金属国。老国王派烈焰骑士保护小王子，他们经过一个神秘的黑堡，结识了原子大师，在光子国边境，王子从金属王国的巨大监牢里救出了电子首领。 金属国设计假冒小王子和烈焰骑士在电子国国庆舞会上刺杀电子国王和公主，危急中被及时赶到的王子、烈焰救下。王子才发现自己先前救出的电子首领是女扮男装的电子公主。 王子和烈焰取得电子国国王公主的信任，一番游历之后，准备离开了电子国，准备回光子国，却遭遇金属国层层阻挠，而在光子国，金属兵兵临城下，并设计了新型武器，光子兵大败，危急时刻，光子国老国王运行七色珠，凝聚光子力量，击退了金属兵进攻，但光子老国王能量耗尽而终。 电子国的公主得到电子兵的汇报后，带领大军支援光子国。重甲将军得知光子国王去世的消息后，知道光子国无力抵抗自已，又发动了新一轮进攻，两军胶着厮杀难分胜负时，电子国公主率军赶到，加入战争，金属兵眼见不敌，重甲将军心生一计，利用电子自旋的性质围攻电子公主，并乘公主疲于破阵的间隙喷出迷药，使公主晕倒，被金属兵捕捉。 王子为了救回公主，决定联合一切力量，动员光子七色军，发起最后的总攻，他联合了原子大师、闪闪、小正、小负以及盟国电子国国王亲自率军一起进攻金属兵大营。此刻，重甲将军也发明出了最先进的武器，不仅捕捉到王子、烈焰，还有原子大师，为了找到公主，在原子大师的设计下，烈焰逃脱，原子大师和王子、公主同时被三维光格网捕捉，关在大牢中。 牢中，原子大师指导王子与公主运作各自的能量，光子与电子都有波粒二相性，王子传递能量，电子是物质粒子，他们光电合并能产生巨大的力量。另一边，烈焰逃出后，按原子大师安排布置电子国王假降，在交出金牌和七色珠这两项国家信物时，交换王子、公主人质，他们共同运作七色珠，形成电击的七色彩泡，把金属兵和重甲将军送向很遥远的地方。光子国与电子国恢复了和平。